В его компетенцию входили вопросы управления войсками в мирное и военное время, состава и комплектования армии, мобилизации, дислокации войск, военного устройства, разведки, военно-учебной и военно-научной работы. Начальник Главного штаба назначался императором, являлся товарищем и первым помощником военного министра.

В связи с развернувшимся бурным железнодорожным строительством и очевидной военно-стратегической важностью железных дорог в 1870 г. были созданы железнодорожные войска.

1 января 1869 г. было издано новое «Положение о Военном министерстве  Верховное начальство над сухопутными силами сосредоточивалось в руках императора. Военное министерство состояло из Императорской главной квартиры, Военно-походной канцелярии его императорского величества, Военного совета, Главного военного суда, канцелярии военного министерства, Главного штаба, 7 главных управлений, Военно-ученого комитета и некоторых других частей.

Важную роль приобретал Военный совет – коллективна орган военного управления, заведовавший не только хозяйственными вопросами, но и инспектированием войск.

Осенью 1862 г. по настоянию военного министерства было принято решение о реорганизации военно-учебных заведений, о придании им характера специальных. Кадетские корпуса, не дававшие своим воспитанникам целевого военного назначения, подлежали упразднению. Система военного образования должна была подчиняться военному министерству. В январе 1863 г. в составе военного министерства было создано Главное управление военно-учебных заведений. Управление ведало всеми военно-учеб- ньши заведениями, кроме академий: Николаевская академия подчинялась Главному штабу, а артиллерийские, инженерные и другие специальные академии – соответствующим управлениям военного министерства. В 1863-1866 гг.