Среди прочих внутренних дел Федору Алексеевичу пришлось разбирать жалобы стрельцов. В Смутное время стрельцы показали себя героями, защищая Тоице-Сергиев монастырь от поляков, а Москву от Тушинского вора (Лжедмитрия II). Позднее они остановили бунтовщика Разина, сражались с турками и татарами. Однако со временем ситуация изменилась. Самых бравых из стрельцов направили в Астрахань и соседние с нею города — охранять границу от нападений из южных степей. Большинство стрельцов остались в слободах, обзавелись семьями, превратились в домовитых хозяев, озабоченных своим огородом и подворьем. В поисках сытой и спокойной жизни в стрелецкие полки хлынули многочисленные любители «хорошо поесть, сладко поспать и выпить за казенный счет». Их волновали главным образом притеснения со стороны полковников да невыплаченное жалованье.

Первых недовольных по приказу боярина Ивана Максимовича Языкова выпороли. Явились жалобщики из другого полка — теперь к главе Стрелецкого приказа Юрию Михайловичу Долгорукому. Узнав из доклада, что пришел пьяный стрелец, князь приказал его высечь. Однако экзекуция не состоялась: у съезжей избы, куда отводили подлежащих наказанию, стрельца отбили товарищи. Долгорукий был в растерянности. Полковника, на которого была подана жалоба, лишили воинского звания и сослали. С тех пор стрельцы почувствовали силу.

При Федоре Алексеевиче они для решения своих дел обращались с челобитной уже не в приказ, а к самому царю. Жаловались в основном на полковников: «На наших землях на наши сборные деньги полковые выстроили себе загородные домы; посылают наших жен и детей в свои деревни пруды копать, плотины и мельницы делать, сено косить, дрова сечь; нас самих употребляют во всякие свои работы, даже отходы чистить, а из государского жалованья вычитают многие деньги и хлебные запасы».