В распоряжении Софьи находились почти все стрелецкие полки, однако дальнейшие события развивались так, что Софья постепенно утрачивала превосходство, а Петр его приобретал. Этому способствовали два важных обстоятельства. Во-первых, в глазах москвичей и некоторой части стрельцов Петр был одним из царей, а Софья — всего лишь правительницей. Петр выглядел жертвой и, следовательно, имел моральное преимущество. Во-вторых, действия Петра направлял умный и опытный советник — Борис Алексеевич Голицын.

10     августа в Москву приехал гетман Мазепа. В Кремле он высокопарно превозносил воинские доблести Василия Голицына, однако, сориентировавшись в обстоятельствах, через несколько дней явился в Троице-Сергиев монастырь и стал жаловаться на Голицына, говоря, что тот путем вымогательства забрал у него много денег. Впоследствии гетман Мазепа получил компенсацию из конфискованных владений Василия Голицына.

По поручению Софьи 13 августа 1689 г. в Троице-Сергиев монастырь отправился боярин Иван Борисович Троекуров с целью уговорить Петра вернуться в Москву. Однако Троекурову этого сделать не удалось. Затем с таким же поручением, но теперь от царя Ивана Алексеевича, в монастыре появился его «дядька» боярин Петр Иванович Прозоровский, но и он не добился успеха. Софья предприняла попытку сделать своим посредником в этом вопросе патриарха Иоакима, авторитет которого был очень высок. Но тот был на стороне Петра и остался ему верен. Тогда Софья решила лично высказать свое пожелание брату. 27 августа в сопровождении бояр она отправилась в Троице-Сергиев монастырь. Об этом было доложено Петру и он велел передать Софье предписание вернуться в Москву. Однако Софья продолжала свой путь.