Когда она остановилась в селе Воздвиженском (в десяти верстах от Троицы), к ней прибыл боярин Иван Борисович Троекуров. Он передал царевне ультиматум Петра: если Софья вновь ослушается, с ней обойдутся не по достоинству. На этот раз Софье пришлось повиноваться, и 31 августа она возвратилась в Москву.

Позиции Софьи продолжали ослабевать: военные силы, на которые она предполагала опереться, таяли с каждым днем. Не увенчалась успехом и попытка царевны разжалобить стрельцов. По вызову Петра в Троице-Сергиев монастырь один за другим стали съезжаться командиры с подчиненными им солдатами и стрельцами. Царю было доложено о тайных совещаниях у Шакловитого, подбивавшего стрельцов на дворцовый переворот.

Пока разыскивали Шакловитого, Петр отправил брату Ивану письмо с предложением отстранить Софью от власти: «Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте, тому зазорному лицу государством владеть мимо нас». Далее Петр испрашивал разрешения: «не отсылаясь к тебе, государю, учинить по приказам правдивых судей, а не приличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре». Письмо подводило итоги придворной борьбы и свидетельствовало о победе «партии» Нарышкиных. Софья была объявлена «зазорным лицом».

6 сентября 1689 г., явившись в Кремль, стрельцы потребовали у Софьи выдать Шакловитого на расправу. Царевне при шлось удовлетворить это требование. 7 сентября Федор Шакловитый был доставлен в Троице-Сергиев монастырь, где его подвергли допросу и пыткам. Через пять дней он, а также некоторые из главных зачинщиков смуты были казнены. В конце сентября Софью заточили в Новодевичий монастырь, где она и провела последние 15 лет своей жизни.