Намеченный диспут устроили в Грановитой палате, а не на площади, хотя раскольники боялись, что без поддержки стрельцов их убьют. В споре хотела участвовать сама Софья Алексеевна, а ей появляться на площади было неприлично. Во время диспута рассуждения Никиты по поводу церковных книг и проклятья в адрес Никона разъярили Софью. Она сказала: «Если Арсений и Никон-патриарх еретики, то и отец наш и брат такие же еретики стали; выходит, что и нынешние цари не цари, патриархи не патриархи, архиереи не архиереи; мы такой хулы не хотим слышать!»

Хотя в споре не оказалось явного победителя (в сложившихся условиях его не могло быть изначально), уже сам факт проведения диспута раскольники рассматривали как свою победу. Но стрельцы перестали выступать за старую веру, как только Софья собрала их и спросила, кто им важнее — она и государи или шесть чернецов-монахов. Стрельцы легко выдали доверившихся им людей со словами: «Черт ли нам в старой вере, пусть попы спорят!» Они снова потребовали денег, которые были им выплачены. Царевна приказала схватить сторонников Аввакума, как еретиков, не сумевших доказать своей правоты. 11 июля Никиту Пустосвята и других раскольников казнили.

Стрельцы становились все менее надежной опорой для Софьи — при любой возможности они шантажировали Кремль. Об этом свидетельствовало их поведение во время диспута: стрельцы с пренебрежением относились к попыткам Софьи вмешаться в диспут и Хованского слушали «гораздо более, чем повиновались правительству».