Предлог нашелся довольно быстро: всем боярам велели явиться в село Воздвиженское для встречи сына гетмана Самойловича. Направился туда и князь Хованский, не ожидавший никаких неприятностей от этой поездки.

17 сентября, празднуя свои именины в Воздвиженском (Софья сделала там остановку по пути в монастырь), царевна объявила Хованского государственным преступником, замышлявшим покушение на жизнь царей. Доказательством послужило подброшенное письмо, адресованное Ивану и Петру.

Боярская дума, собравшаяся праздновать именины правительницы, вынесла смертный приговор князю и его сыну. Находившийся в составе ополчения боярин Михаил Лыков, получив приказ Софьи арестовать Хованского, с небольшим отрядом напал на лагерь главы Стрелецкого приказа. Наскоро прочитав царский указ, здесь же, у Большой Московской дороги, Хованского обезглавили, а затем отрубили голову и его сыну Андрею.

Второй сын Хованского — Иван — уцелел. Он прибежал в Москву и объявил стрельцам, что их благодетеля убили. Стрельцы стали спешно готовиться к защите Кремля, однако воевать со всей Россией им не хотелось. Михаил Головин, присланный в Москву градоправителем, склонил их к миру. Стрельцы выбрали челобитчиков и послали их к Софье.

Софья простила стрельцов. Они выдали второго сына Хованского, сами сломали памятный столб, возведенный на Красной площади по их требованию, и повинились в бунте. В ноябре двор вернулся в Москву. По пути в столицу не обошлось без происшествий. Когда все находились еще в Воздвиженском, в палатах, где спал Петр, вспыхнул пожар. Наталья Кирилловна едва успела спасти сына. Но вряд ли это был коварный замысел Софьи: в то время строения в России были главным образом деревянными, а потому горели часто.