Между тем молодой царь был склонен заниматься другими государственными вопросами. Его очень интересовал проект учреждения высшего училища (Академии). Возвратившийся из странствий монах Тимофей рассказал об упадке греческой церкви из-за удручающего состояния наук, необходимых для поддержки богословия. Это побудило русского царя заняться вопросами образования. При типографии (основанной в Кремле в 1679 г. Симеоном Полоцким) было открыто маленькое (на 30 учеников) училище, начальником которого назначили монаха Тимофея. Однако царь не оставлял надежд на создание настоящей Академии.

Он сравнивал себя с иудейским царем Соломоном, который тоже пришел к власти в молодом возрасте, но управлял страной успешно и облагодетельствовал свой народ. Московский царь мечтал уподобиться Соломону, чтобы «позаботиться о мудрости, с которою все блага от бога людям даруются». Предполагалось, что в будущей Академии будут преподаваться грамматика, пиитика (теория стихосложения), риторика, диалектика (то есть логика), философия, естествознание, право и, разумеется, богословие. Но эти проекты остались нереализованными: 27 апреля 1682 г. царь Федор Алексеевич скончался в возрасте 22 лет, не оставив распоряжения о престолонаследии.

Сразу после смерти Федора Алексеевича разгорелась борьба за власть между сторонниками Милославских и Нарышкиных. Помимо происхождения царские родственники из враждующих фамилий различались воспитанием. Симеон Полоцкий был наставником не только Федора, но и всех старших детей Алексея Михайловича (в том числе и царевны Софьи). Благодаря этому они получили образование и воспитание с сильным влиянием южно-русского богословия и польских традиций. Наталья Кирилловна Нарышкина, являвшаяся воспитанницей Артамона Матвеева, «впитала в себя влияние западноевропейской культуры».