Петр I надеялся найти в Яворском активного сторонника церковной реформы, но ошибся: рязанский митрополит был тайным сторонником восстановления патриаршества и не поддерживал нововведений.

Деятельного помощника в осуществлении церковной реформы царь обрел в лице выдающегося писателя-публициста и проповедника Феофана Прокоповича. Петру I запомнилась яркая речь, которую тот произнес в киевском Софийском соборе по случаю полтавской победы. В 1716 г. Феофан Прокопович переехал в Петербург и стал ближайшим сподвижником Петра, пропагандистом его преобразований. Проповеди Феофана были наполнены светским содержанием, гордостью за мощь России. В 1720 г. он произнес «Слово похвальное о флоте российском», в следующем году — слово при открытии Синода, в 1723 г. — речь, обращенную к Петру по случаю возвращения из Каспийского похода.

В 1721 г. должность местоблюстителя патриаршего престола была упразднена. Высшим учреждением духовного ведомства стала Духовная коллегия, переименованная затем в Синод. Членов Синода назначал царь, они приравнивались к чиновникам прочих светских учреждений: получали из казны жалованье, приносили присягу на верность государю и обязывались безоговорочно выполнять все его повеления. Церковным иерархам предписывалось «в мирские дела и обряды не входить ни для чего». Как и в Сенате, в Синоде присутствовало «око государево» — обер-прокурор, то есть светское лицо, надзиравшее за деятельностью Синода.

В итоге церковной реформы Синод превратился в правительственное учреждение, в котором заседали чиновники в рясах. И хотя он, подобно Сенату, назывался Правительствующим, его компетенция была значительно скромнее сенатской и распространялась только на вопросы веры. Президентом Синода Петр оставил престарелого Стефана Яворского, однако фактическим руководителем Синода был его вице-президент Феофан Прокопович.