Возникновение приказов неизбежно повлекло за собой их структурирование, установление среди них определенных иерархических соотношений, в которых современники разбирались, к сожалению, много лучше, нежели нынешние исследователи. На протяжении двух столетий существования приказов их иерархия оставалась весьма аморфной, поскольку сама мобильность их возникновения и ликвидации не имела ничего общего с незыблемостью полкового «разряда» армии или «лествицей» думных и московских чинов. В более или менее выкристаллизованном виде старшинство приказов предстает перед нами только к 1660-1670-м гг. Восстановить иерархию последних можно по сохранившимся с этого времени в Московском столе Разрядного приказа спискам подьячих, включенных в штаты своих учреждений, поскольку приказы перечислены в определенной последовательности. Порядок перечисления менялся не особо значительно, если сравнить его с «местами» приказов в перечислении Г. К. Котошихина. Складывание этой иерархии проходило, вероятно, параллельно с возникновением определенных государственных потребностей и занимавшихся их удовлетворением тех или иных приказов. Однако в отличие от иных иерархий «места» более «молодых» учреждений могли быть выше более «старых», что диктовалось государственной необходимостью. Так, в руководстве значительной части приказов в XVII в. уже имелись думные чины, включая бояр, хотя жесткой закономерности, позволившей бы нам утверждать, что тот или иной приказ постоянно возглавляется лицом определенного ранга, выявить невозможно. Объединив данные вышеуказанных перечней приказов, получим следующую приблизительную иерархию основных правительственных учреждений к середине XVII в.

Разрядный приказ. Военно-служилое и «кадровое» ведомство. Во главе – думные дьяки, во второй половине XVII в. – иногда (с 1681 г.) дослужившиеся до окольничего (бояре появляются только после отмены местничества.