Шишков был послан для сыска о мародерстве отряда И. Суморокова в Опочке, но отказался от поручения из-за формулировки полученного наказа, в котором начальник Суморокова боярин кн. Б. А. Репнин был написан «с товарищи». Г. К. Шишков, таким образом, оказывался в подчинении и второму воеводе, кн. С. П. Львову, чего не мог допустить и бил на последнего челом. В челобитье он писал, что «исстари мы, холопи твои, от прародителей своих за многие лета людишка родословные, а с ним, князь Семеном, и с родители ево я. и родители наши не бывали». Шишков ссылался на свое невершенное дело с кн. Ю. И. Шаховским, пытаясь на этом основании представить себя и свой род безусловно «разрядными людьми». В ответ кн. Львов жаловался, что Шишков его и его родителей в присутствии начальных людей Новгородского полка «лаял и бесчестил, и называл людишками худыми и непородными, хуже себя». Шишкова было велено наказать за непослушание и за то, что в формулировке наказа к Репнину «с товарищи» мест нет, но претензии его были удовлетворены.

Не вполне ясен случай, когда против второго воеводы заместничали не городовые, а столичные корпорации. В начале сентября 1637 г. стоявший на Туле первый воевода кн. И. Н. Хованский бил челом об отпуске по болезни. 9 сентября в Тулу прибыл его второй воевода И. Я. Вельяминов, которому велено было передать списки. На следующий день они вместе проводили смотр Большого полка, состоявшего из московских чинов – стряпчих, московских дворян, жильцов – и городовых дворян – тулян, каширян, козлич, тарушан, серпуховичей. На смотре чины трех указанных статей государева двора били челом кн. Хованскому, что не хотят подчиняться Вельяминову, и передали ему челобитную, которую он со своей отпиской отправил в Москву. Но 11 сентября из Разряда пришел наказ – отдать списки Вельяминову.