Дворовые чины, приравненные к думным, точнее, к думному чину окольничего, возглавляли соответствующие ведомства: ясельничий Конюшенный приказ, оружничий – Оружейную палату, постельничий – Государеву мастерскую палату (а временами и Печатный приказ, так как он ведал личными царскими апартаментами и Малой государственной печатью). Близкие к чину думного дворянина чины соответственно возглавляли: казначей – Казенный приказ, печатник – Печатный приказ. Патриаршие Разрядный и Судный приказы возглавляли бояре, но только при Филарете; впоследствии их возглавляли патриаршие бояре (приравненные после смерти государева отца к думному дворянину). Чин окольничего был «потолком» для глав Холопьего (с 1590 г.), Монастырского (второго, с 1652 г.), Тайного (с 1657 г), Конюшенного (с 1671 г.), Казенного (с 1683 г.). Чин не выше думного дворянина бывал у глав Книгопечатного (с 1632 г.) и Полоняничного (с 1666/67 г.) приказов. Согласно общепринятым воззрениям, главной государственной и одновременно личной канцелярией великого князя, а затем царя на первом этапе ее существования считается Казна и Дворец, а на втором – Разрядный и Посольский приказы, но ввиду их разделения на множество функциональных приказов возникает на третьем этапе новая личная канцелярия – Тайный приказ. Как в начале XVI в., так и в дальнейшем все они управлялись дьяками. Случаи назначения туда не дьяков связаны с особым фавором: окольничий Ф. М. Ртищев – в Тайный, бояре А. Л. Ордин-Нащокин, А. С. Матвеев, кн. В. В. Голицын – в Посольский. Исключительно дьяками управлялись приказы Великой России, Записной, патриаршие Духовный и Казенный, Строения богаделен. Стольники, московские дворяне, жильцы ведали остальными приказами, например, Городового дела, Панихидным, Сбора казачьих кормов.

Однако это уже период стагнации приказной системы.