Собранные этими, столь разными экспедициями сведения о государствах Средней Азии, с которыми у Российской империи не было даже дипломатических отношений, позволили русскому правительству определиться в своем отношении к ним и перейти к активным действиям против своих враждебно настроенных южных соседей.

В сентябре 1864 г., не дожидаясь официального разрешения Петербурга, опасавшегося к случае начала регулярных военных действий против азиатских государств открытого разрыва с Англией, командовавший особым  Западно-Сибирским отрядом генерал Михаил Григорьевич Черняев, преследуя отступающие отряды противника, вторгся на территорию Кокандского ханства и двинулся на Ташкент, самый боль той из городов этого государства, насчитывающий в то время по чти 100 тыс. человек населения.

Михаил Григорьевич Черняев (1828-1898) – русский военный и общественный деятель, генерал-лейтенант. Участвовал в Крымской войне 1853- 1856 гг. и военных действиях против кавказских горцев. После окончания войны с Шамилем, но собственному желанию был переведен на границу с Кокандским ханством, где назревали грозные события. В 1864-1865 гг. командовал особым Западно-Сибирским отрядом, в ходе преследования нарушивших русскую границу кокандских отрядов, занявшим города Аулие-Ата, Чимкент и Ташкент на территории Кокандского ханства. За выказанную в этих делах доблесть М.Г.Черняев был награжден орденом св. Георгия 3-й стенени, а за превышение власти в 1866 г. уволен в отставку. Вместе с видным публицистом Р.Л.Фадеевым издавал в Санкт-Петербурге газету «Русский мир», критиковал с ее страниц мероприятия военного министра Д.А.Милютина. После начала антитурецкого восстания в Боснии и Герцеговине (1875 г.), вопреки желанию русского правительства, уехал в Сербию и возглавил немногочисленную сербскую армию, потерпевшую поражение в столкновении с имевшей значительный перевес в силах турецкой армией Абдул-Керим-паши. После смерти К.П.Кауфмана непродолжительное время был туркестанским генерал губернатором (1882-1884), затем вновь в отставке.

Первая попытка овладеть городом не удалась. Весной 1865  перегруппировав свои силы, генерал Черняев начал новое наступление против кокандских войск.