Совет университета самостоятельно решал научные, учебные, административные, финансовые вопросы, имел право присуждать ученые степени и звания, распределять государственные средства по факультетам. Общее руководство деятельностью факультетов принадлежало факультетским советам. Предусматривалась выборность ректора, проректора, деканов и профессоров с последующим утверждением их в должности министром народного просвещения. Университеты располагали своей цензурой; каждый профессор имел право свободно выписывать из-за границы книги, брошюры, журналы и газеты, которые не подлежали таможенной проверке. Попечитель учебного округа мог лишь наблюдать за законностью университетской деятельности.

Обучение в университетах было платным. Ежегодная плата составляла в столичных университетах – 50 рублей, в других – 40 рублей. Малообеспеченные студенты получали разрешения на отсрочку, плату для них могли уменьшить наполовину или вовсе отменить. Но студенты не получили корпоративных прав и рассматривались как отдельно взятые посетители, а за нарушение университетских правил подлежали дисциплинарному суду.

Действие Университетского устава было распространено на 6 университетов: Московский, Петербургский, Казанский, Харьконский, Киевский и Новороссийский (Одесский). Дерптский, Гельсингфорсский и Варшавский университеты имели свои уставы.

В 60-х гг. жизнь университетов вступила в пору расцвета: создавались научные общества, проводились съезды, расширялось издание трудов. Отечественная наука получала международное признание. Совершенствовалось университетское преподавание, выросло количество учебных дисциплин. Согласно уставу 1863 г., число кафедр увеличилось с 13 до 19, развивалась и обновлялась специализация кафедр.