Такое решение вопроса не устраивало руководство МВД. В 1888 г. главой комиссии был назначен В.К.Плеве, к 1890 г. разработавший проект закона ужесточавшего Временные правила. Но и этот проект МВД не решилось представить на обсуждение Госсовета. Законодательство о евреях развивалось поэтапно. В 1887 г. с одобрения Толстого Делянов издал циркуляр, устанавливавший процентную норму для евреев в средних и высших учебных заведениях. В 1889-1892 гг. лицам иудейского вероисповедания был прегражден путь в адвокатуру, они были отстранены от участия в выборах органов местного самоуправления. В 1891 г. по докладу министра внутренних дел был издан закон о воспрещении ремесленникам иудейского вероисповедания проживать в Москве и последовало распоряжение о выселении таковых из города.

В национальных регионах – в Польше, прибалтийских губерниях, на Украине МВД предпринимало меры по введению русского языка в делопроизводство в государственных учреждениях, на железных дорогах, афишах, вывесках, этикетках и т.д., а также в преподавании в вузах и школах.

В первой половине 90-х гг. правительство предприняло попытку ограничить автономию Великого княжества Финляндского. Финское почтовое ведомство было подчинено МВД. Введен обязательный прием русской монеты, ослаблена роль местного Сената, создано особое совещание для обсуждения вопроса о конституции Финляндии.

Дворянство, потерявшее в результате реформ свои привилегии и прежнее политическое значение, взывало к правительству о помощи. Высочайший рескрипт 21 апреля 1885 г. по поводу столетия Жалованной грамоты дворянству возвестил об устройстве сословного Дворянского банка для льготного кредитования помещиков под залог имений. Тогда же была закрыта созданная Игнатьевым комиссия М.С.Каханова, составившая проект преобразования местного самоуправления на всесословной основе. Проект реформы местного самоуправления было поручено разработать правителю канцелярии МВД А.Д.Пазухину.