6 августа 1864 г. «Положение о военных округах» было утверждено. Главному начальнику округа – командующему войсками подчинялась военно-окружная администрация (совет, штаб, управления округа и др.) и вся местная военная структура. Военный округ представлял собой уменьшенную копию военного министерства. Командующие пограничными округами, как правило, являлись генерал- губернаторами, в их руках сосредоточивалась вся высшая военная и

гражданская власть. В 1864 г. возникли Петербургский, Московский, Финляндский, Рижский, Харьковский и Казанский, а после 1864 г. – Кавказский, Оренбургский, Запад но- Сибирский, Восточно-Сибирский и Туркестанский военные округа. Таким образом, вся территория Российской империи (кроме Области Войска Донского) была разделена на 15 военных округов. Теперь местные военные вопросы – как строевые, так и хозяйственные – разрешались не петербургскими инстанциями, а военно-окружным управлением. Кроме того, командующий округом был призван оказывать содействие гражданской администрации в деле поддержания порядка. В случае войны штаб округа становился штабом действующей армии. В ведении военного министерства остались те вопросы управления, которые имели значение для всей армии.

Наряду с реформой местного военного управления в 60-е г. XIX в. происходила реорганизация военного министерства. В 1863 г. началось формирование единого военного центра, отвечающего за выработку общей военной стратегии и тактики – департамент Генерального штаба был объединен с военно-топографическим депо и Николаевской академией Генерального штаба, получив название Главного управления Генерального штаба. С начала 1866 г. Главное управление Генерального штаба и инспекторский департамент военного министерства составили новое учреждение – Главный штаб.