Тем временем Стамбул под давлением Англии заключил с Софией мирное соглашение: в обмен на признание независимости и единства государственной территории Болгария становилась военной союзницей Турции. Болгары болезненно отреагировали на союзный договор, заключенный Баттенбергским с их многовековой поработительницей. В результате военного переворота болгарский монарх был низложен и бежал из страны. Власть перешла к прорусски настроенному правительству Цанкова. В Софию был направлен личный представитель Александра III генерал Н.В.Каульбарс. Однако его прямолинейные, недипломатичные действия привели к новому государственному перевороту, возглавленному С.Стамболовым – политиком, ориентировавшимся на Западную Европу. Русско-болгарские дипломатические отношения в ноябре 1886 г. были прерваны, а в 1887 г. новым болгарским монархом стал ставленник Австро-Венгрии Фердинанд Кобург. Кризис был исчерпан полной переориентацией внешней политики Болгарии.

Болгарский кризис резко обострил русско-германские отношения и предопределил окончательный распад «Союза трех императоров». Общественное мнение России болезненно отреагировало на потерю страной политического влияния на Балканах. За переориентацию России на союз с Францией активно выступали военные круги во главе с начальником Генерального штаба и масоном Н.Н.Обручевым, К.П.Победоносцев, пресса правого толка и прежде всего газета М.Н.Каткова «Московские ведомости».

Однако в 1887 г. Александр III сделал еще одну попытку нормализовать отношения с Германией, поручив братьям Петру и Павлу Шуваловым особую миссию в Берлине.