Несмотря на малочисленность своего отряда (около 2 тыс. человек, 12 орудий) Черняев в ночь с 14 на 15 мая начал штурм Ташкента. В городе ему противостояло до 30 тыс. вооруженных защитников, оказавших ожесточенное сопротивление русским войскам. Лишь 17мая 1865 г., потеряв всего 25 человек убитыми, штурмовые колонны Черняева овладели Ташкентом, а 24 мая, также почти без потерь, другим кокандским городом Ходжентом. Под нажимом Англии, протестовавшей против действий Черняева, Александр II вынужден был уволить его со службы, но тем не менее присоединил всю занятую русскими войсками часть Кокандского ханства к своей империи.

Победами России поспешил воспользоваться бухарский эмир Музаффар. Осенью 1865 г. его войска захватили Коканд. Генерал губернатор вновь образованной Туркестанской губернии Конста:  тин Петрович Кауфман попытался нормализовать отношения бухарцами и в 1867 г. предложил эмиру прекратить военны действия и заключить мирное соглашение. Однако правите. Бухары отверг все предложения Кауфмана и объявил «газават» («священную войну») России. В мае 1868 г. русские войска начали наступление на Самарканд, 14 мая разбили 40-тысячную бухарскую армию на высоте Чупан-ата (на берегу реки Зеравшан),

а 2 июля одержали победу в сражении на Зерабулакских высотах. В конце июня 1868 г. эмир Музаффар вынужден был заключить с генералом Кауфманом договор, по которому признавал над собой протекторат Российской империи, уступал ей город Самарканд с прилегающими к нему бекствами и обязался выплатить 500 тыс. рублей контрибуции. Однако за эмиром Бухары так же как и ранее за канадским ханом, было сохранено право внутренней автономии.

Константин Петрович фон Кауфман (1818 1882) — русский военный и государственный деятель, инженер-генерал, почетный член Петербургской Академии наук. В 1836 г. окончил Главное инженерное училище и офицерские классы при нем.