Лишь в конце XV века при архиепископе Геннадии (Гонзове) главным торжеством храма становится праздник Успения Богородицы, происходит своеобразная переориентация литургического значения культа с Христа на Богоматерь.

Забвение истинного смысла Софии стало причиной многих недоразумений в обществе. Мариологическое понимание Премудрости вкупе со спекулятивной теологией, получившей развитие в России в XVII веке, привело к аллегорическому толкованию этого образа, когда субстанция начала принимать очертания ипостаси. Попытки возвести вину за проникновение подобного толкования в богословскую мысль на знаменитую икону Святой Софии из Новгородского собора совершенно безосновательны. Известно, что она представляет Премудрость в виде огнезрачного ангела с пурпурными крылами, сидящего на престоле, к нему в предстоянии деисиса склонились Божия Матерь и Иоанн Предтеча. Загадку ангела пыталось разгадать не одно поколение историков и богословов. Прояснить эту загадку можно как с точки зрения традиционной иконографии, в которой центральной фигурой деисиса по определению должен быть Христос, так и путем ветхозаветной экзегезы пророчества Исайи, где Мессия представлен как «Ангел Великого Совета».

Вместе с тем ни христология этой теологемы, ни ее иконография сами по себе не были бы способны раскрыть значение Софийского патроната в средневековой общине Новгорода, если бы нам не помог сам летописец. Говоря о спасении Новгорода от татарского нашествия зимой 1237 г., летописец пишет, что Новгород «заступи Бог и Святая Великая Зборная Апостольская Церковь Святыя Софии». А. С. Хорошев в этой связи отмечает: «Под церковью Святой Софии составитель подразумевал не храм и не человеческое сообщество как организацию духовенства и верующих.