Помощью Святой Софии были одержаны победы над Литвой (1226, 1234), над шведами и Орденом (1240, 1242, 1262, 1268, 1301, 1348), над Емью (1256). В то же время Святая София препятствует новгородцам в гражданских столкновениях, предостерег их от кровопролития (1219, 1220, 1384). Принципиально важно, что почти ни разу Святая София не упоминается как пособница в междоусобных бранях между русскими землями, а лишь в связи с отражением внешней угрозы или заграничными походами. Итак, Святая София в летописи и в сознании новгородцев вместе с Богом принимает деятельное участие в судьбе самого Новгорода и городской общины. Она способствует победам христиан над иноверными и инославными, но не поддерживает кровопролитие между христианами, предупреждая столкновения внутри городской общины.

В восточно-христианском богословии библейский образ Софии-Премудрости всегда соотносился с Христом. Позднее, в XVI в., инок Отенского монастыря под Новгородом Зиновий, отвечая на недоумения своих современников, пишет богословские сочинения «Сказание, что есть Софей, Премудрость Божия» и «Сказание, которыя ради вины причтен бысть праздник Успение Святыя Богородица к двунадесять владычных праздников». Здесь, опираясь на труды апостола Павла и святоотеческую экзегезу, он обоснованно доказывает, что под Софией-Премудростью всегда понималось Божественное Слово, Логос, вторая ипостась Святой Троицы, сам Христос94. Этому находится подтверждение и в новгородской традиции XIII—XIV вв. На печатях архиепископа Далмата (1251—1273), которые несут на себе изображения Божией Матери «Знамение» рядом с образом младенца-Христа сделана соответствующая надпись — «СОФИ». Да и престольным праздником Софийского собора были, согласно иноку Зиновию, все двенадцать владычных праздников, богословское содержание которых напрямую связано с Христом.